O Diretório Colegiado dirige administrativamente o Comitê e é composto por 6 de seus membros, eleitos pelo Plenário, sendo 2 representantes dos Usuários de Água, 2 representantes da Sociedade Civil e 2 representantes do Poder Público.

O Diretório Colegiado reúne-se ordinariamente seis vezes ao ano, e extraordinariamente mediante a convocação formal do Presidente ou requerimento de pelo um terço dos membros do Diretório.